Ząbki są prawie płaskie: teren opada z nieco ponad 92 m n.p.m. na wschodzie do 83–87 m na zachodzie. Wschodnia część to wysoczyzna morenowa — od powierzchni do głębokości 1–2 m leżą tam gliny piaszczyste i piaski. Na zachodzie są obniżenia, na których dnie zalega 1–2 m piasków z torfem i namułami, czyli grunt słabonośny. W południowej części miasta wydobywano kiedyś iły i gliny.
Gleby to przeważnie piaski luźne i słabogliniaste, a na terenach podmokłych — torfowe i murszowe. Ząbki leżą poza strefami zagrożenia powodziowego i poza mapą zagrożenia podtopieniami PIG-PIB, ale miejski plan adaptacji do zmian klimatu opisuje lokalne podtopienia po deszczach nawalnych — przy drogach, parkingach i w obniżeniach terenu — oraz umiarkowane zagrożenie suszą. Ogród w Ząbkach musi więc przyjąć ulewę i przetrwać suche lato.